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返回知识产权与反垄断之间的矛盾由来已久，主要体现在是优先保护知识产权（主要是专利权，下面讨论以专利权为例）还是侧重于反垄断上，无论是国内还是国外，都没有达成一致的选择。
我国国内立法，《专利法》第一条规定了专利法的立法目的：为了保护专利权人的合法利益，鼓励发明创造，推动发明创造的应用，提高创新能力，促进科学技术进步和经济社会发展，制定本法。专利法在保护专利权人利益和促进科技进步上的目的是统一的，只要保护好专利权人的利益，大家为了获得利益都有动力去搞发明创造了，便能促进科技创新，科技创新必然驱动经济发展，这是根本目的。
那么怎么样才算是保护专利权人利益呢？首先需要当事人申请专利证书。专利包括发明（需要形式审查和实质审查）、实用新型和外观设计（只需要形式审查），申请发明专利的可以是产品或方法，而申请实用新型和外观设计专利的只能是产品。其次，当专利权人获得专利证书后，可以通过许可（包括独占许可、排他许可和普通许可）和转让获得相应的对价；再者，如果未经专利权人许可，擅自使用专利权人的专利来制造销售对应产品的，则需要赔偿专利权人的损失，具体赔偿数额则由专利法65条加以确定。
这里有些有意思的问题，比如如果甲拥有某项方法专利，而乙却用不同的方法制造出相同的产品，乙是否侵权？这时候乙是不侵权的，但乙需要举证自己用的是不同的方法。印度的制药业为什么非常发达，因为过去印度的专利法只保护药品的方法专利，这样制药人为了能够生产出相同药效的药品拼命研制方法，印度的制药业也由此变得发达。（法律和政策制定对经济社会影响是想象不到的）
但专利权的保护势必带来两个问题，一是专利权人为了保证自己的利益，并不会公开自己的专利方法，这便会阻碍技术的传播。这个问题应该来说已经得以解决，解决的方法就是专利期限制度和强制许可以及默示许可制度（当然默示许可在我国立法上还不是很明显），二是会造成垄断，因为专利权人为了保证自己的利益，控制某些产品的输出，便有可能造成事实上的垄断行为。
根据我国《反垄断法》第三条，垄断行为包括：
（一）经营者达成垄断协议；
（二）经营者滥用市场支配地位；
（三）具有或者可能具有排除、限制竞争效果的经营者集中。
垄断的危害性在于，垄断产生后垄断者持久地获得高额垄断利润成为可能，社会财富不再尽可能平均分配而涌向某一极，这样势必造成经济发展的马太效应，贫富差距拉大，到达某一极值时形成社会动荡和政治动荡。因此有必要控制垄断行为的发生。
在知识产权的保护和反垄断关系的理解上，举个不太恰当的例子，奥尼尔内线单打无人能及，联盟一定是要鼓励和保护球员自己开发球技这一行为的，因为这样能够鼓励更多球员开发自己的球技（相当于知识产权保护）。但另一方面，由于奥尼尔太过厉害，内线单打无能能及，冠军都是他的，这也挫伤了其他人努力打球赢得比赛的信心和动力，因此联盟只好出台进攻三秒来限制奥尼尔（反垄断）。今天库里的三分如果继续逆天下去，等观众的瘾过了，联盟一定会想出办法限制库里的三分的，这是必然的。
由此你可以看出，强调知识产权的保护还是强调反垄断，是根本无法定调的，你只能做折中处理，当专利权人还处于获得利益的初期，自然要保证其利益；但如果他在事实上达到垄断的地步，这时候还应不应该继续保护呢？只能说理论上没有定论，实践中是侧重反垄断的。
毕竟保护知识产权的是国家，而垄断最终侵害的是国家的利益，既然你都威胁到我的利益了，那么我还有什么理由继续保护你呢？
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